La FCEE fue creada en 1963, entregando a la sociedad, el 7 de febrero de 1969, la primera promoción de Contadores Públicos, que contó con ocho graduandos; dos años más adelante, el 21 de noviembre de 1970 lograron su graduación los primeros diecinueve Administradores de Empresas.

En los años 90, la Facultad vivió una ola expansionista que trajo consigo el fortalecimiento de la oferta académica con pregrados en Finanzas y Negocios Internacionales (1994), Administración de Recursos Costeros y Marinos (1994), Mercadeo (1995), Economía (1995) y Administración y Gestión Empresarial (1995).

En 1993 la Facultad incursionó en los posgrados con las especializaciones en Revisoría Fiscal (1993), Gerencia de Negocios y Competitividad (1993); Gerencia de Proyectos Sociales (1993), Gerencia Prospectiva y Estratégica (1993), Gerencia de Mercadeo Global (1994), Gerencia Tributaria (1996), Desarrollo Humano y Organizacional (1996), Gerencia Financiera (1996), Gerencia de Auditoría Interna (1996) y Espíritu Empresarial (1998).

Bajo la premisa de la excelencia académica y la unión con el sector externo, la Universidad Santiago de Cali empezó a ofertar programas de niveles técnico y tecnológico con sede en la ciudad de Palmira. 

La Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, cuenta en la actualidad con doce programas de pregrado y ocho de posgrados, además, tiene unidades de apoyo para generar impacto positivo en la región; algunas de ellas son el Centro de Estudios e Investigaciones en Desarrollo Regional – Ceider (2002), la Unidad de Emprendimiento (2004), la Escuela de Liderazgo (2009), el Punto de Bolsa (2011), los Departamentos Académicos (2012) de Administración y Mercadeo - Deadmer y de Economía, Contabilidad y Finanzas – Decofin y, el Laboratorio Empresarial (2017).